İkitelli Organize Sanayi Bölgesi aynı şekilde İSKİ Genel Müdürlüğü ile protokol yapmıştır. Ancak, burada atıksu deşarjı mansap kabul edilen Ayamama deresine yapılmakta olup, Ayamama deresi herhangi bir arıtma tesisine bağlanmaksızın doğrudan Marmara Denizine dökülmektedir. Bölgenin atıksularının arıtılmasını sağlayacak olan Ataköy Biyolojik Atıksu Arıtma Tesisi inşaatı devam etmekte olup 2010 yılında devreye alınması beklenmektedir. Beylikdüzü Organize Sanayi Bölgesinde oluşan atıksuların deşarjı mansap kabul edilen Haramidere’ ye yapılmakta olup bu bölge için planlaması yapılan Ambarlı Atıksu Arıtma Tesisi inşaatı istenen düzeyde ilerlememektedir. İstanbul ili içerisinde yer alan birçok derenin açık kanal kabul edilerek kullanılması derelerin alıcı ortam özelliklerinin bozulmasına sebep olmaktadır. Deşarjlar bazı noktalarda arıtma tesislerinde arıtılan atıksuların deşarj edilmesi şeklinde bazı noktalarda ise izinsiz kaçak deşarjlar ve kentsel kanalizasyonun doğrudan deşarjı şeklinde olmaktadır.

Mevcut atık su arıtma tesislerinin 8 tanesi ön arıtma tesisi olup burada sadece fiziksel arıtmaya tabii tutulan atık sular derin deniz deşarjı ile bertaraf edilmektedir. Toplanabilen atık suların miktar olarak yaklaşık %84’ ü ön arıtma tesislerinde arıtılmakta yalnızca % 16’ sı biyolojik veya ileri biyolojik arıtmaya tabii tutulabilmektedir. Ön arıtmaya tabii tutularak derin deniz deşarjıyla bertaraf edilen atık suların büyük bir kısmı İstanbul Boğazı dip akıntısına verilerek Karadeniz’e ulaşması sağlanmaktadır. İstanbul Boğazı’nın tabakalı akım yapısı İstanbul İlinin atık sularının bertaraftı açısından kurtarıcı bir rol oynamaktadır. Ancak 12 milyon nüfuslu bir şehrin atık sularının yaklaşık % 60-70’ inin bu şekilde bertaraf edildiği düşünüldüğünde İstanbul Boğazı yoluyla taşınan atık suların Karadeniz’ de yarattığı kirliliğin izlenmesi ve gelecekte yaratacağı etkilerin değerlendirilmesi yönünde bilimsel çalışmaların yapılması önem arz etmektedir.

1950’lerden bu yana hızlı bir şekilde sanayileşen ve yarattığı istihdam nedeniyle hızla göç almış bir metropol olan İstanbul’da planlama ve altyapı faaliyetleri bu hızda ve etkin bir şekilde gerçekleştirilemediğinden ve kaçak yapılaşan konut ve sanayi tesislerinden dolayı, İlimiz çok yönlü ve ciddi boyutlara varan çevre kirliliğine sahne olmuştur ve olmaya devam etmektedir. Bir yandan kirlilik yaratmaları nedeniyle sanayinin kent dışına desantralizasyonu gerçekleştirilirken, bir yandan da tarımsal faaliyetlerin yürütüldüğü bölgelerde plansız, kontrolsüz, hiçbir altyapısı olmayan ve çevre adına önlemler alınmadan büyük sanayi bölgeleri oluşturulmaktadır. Şüphesiz bu, çevre kirliliğinin kent dışına taşınmasına ve kontrolsüzlük nedeniyle kirliliğin büyük boyutlara ulaşmasına sebep olmaktadır. Çevre kirliliğinin önüne geçmek, çevresel değerleri yükseltmek için farklı birimlerce çalışmalar yürütülse de kamuoyunda ve özellikle sanayicilerde çevre bilinci oluşturulmadığı sürece bu çalışmalar yetersiz kalmaya devam edecektir. Bu nedenle, çevre tahribatının önlenmesi amacıyla yapılan en önemli çalışmalar çevre bilincinin yükseltilmesi için yürütülen eğitim çalışmalarıdır.