Yapılan su kalitesini belirleme çalışması kapsamında oluşturulan Küçük Menderes su kalitesinin irdelenmesinden kirliliğin yoğun olarak evsel atıksulardan, tekstil, metal, maden, zeytinyağı, süt ve süt ürünleri vs. endüstri tesislerinden ve tarımsal faaliyetlerden (ilaçlama, gübreleme ve drenaj suları) kaynaklandığı anlaşılmaktadır. Özellikle toplam fosfor, nitrit ve nitrat değerlerinin yüksek olması; nehir suyunda ötrofike bir durum olduğunun göstergesidir. Bu durum havzada yoğun olarak yapılan tarımsal faaliyetlere ve bilinçsiz aşırı gübre kullanımıyla açıklanabilir. İnorganik kirliliğin kaynaktan itibaren sanayi bölgelerinde daha fazla olduğu, küçük sanayi sitelerinin de önemli kirletici etken oluşturduğu tespit edilmiştir. Havzada yoğun olarak bulunan mevsimlik zeytinyağı tesisleriyle süt ve süt ürünleri (mandıralar) de organik kirliliği önemli ölçüde artırmaktadır. Ayrıca Torbalı Fetrek Çayı civarındaki büyük ölçekli sanayi kuruluşları, mermer işleme tesisleri nehre ciddi anlamda kirlilik yükü taşımaktadır.

Küçük Menderes Nehri’nin Beydağ, Ödemiş, Tire, Bayındır, Selçuk ilçelerinden geçerek geçtiği yerleşim alanlarının, evsel ve sanayi atıklarını, tarımsal ilaçlar ve kimyasal gübrelerden kaynaklanan kirliliğini Ege Denizine taşımaktadır.

Kiraz ve Selçuk İlçelerinde atıksu arıtma tesisi mevcuttur. Kiraz İlçesi’nde kanal bağlantı eksikleri nedeniyle tesis bir türlü devreye alınamamaktadır. Selçuk İlçesi’nde ise 1985 yılında yapımı tamamlanan arıtma tesisi stabilizasyon havuzu şeklindedir ve bu tesiste de zaman zaman problemler yaşanmaktadır. Beydağ, Ödemiş, Tire, Bayındır ve Torbalı İlçeleri’nde ise kısmen kanalizasyon sistemi mevcut olup atıksu arıtma tesisleri olmadığından atıksular direkt olarak nehre deşarj edilmektedir.

Torbalı, Tire ve Ödemiş, sanayileşmenin geliştiği başlıca ilçelerdir. Bölgede bulunan sanayi kuruluşları arasında tarımsal ürünleri işleyen sanayi kuruluşları başta gelmektedir. Havzada özellikle zeytinyağı üretim tesislerinden gelen karasu ve küçük ölçekli mandıralardan gelen peynir altı suları problem teşkil etmektedir.

Küçük Menderes Havzasında, iletmede olan 6 adet OSB bulunmaktadır. Bunlardan İzmir Atatürk OSB, Tire OSB ve Menemen Deri OSB’nin atıksu arıtma tesisi bulunmakta olup, İzmir İTOB OSB’nin atıksu arıtma tesisi inşaat halindedir. Ayrıca Tekeli OSB atıksularını belediye kanalizasyonuna vermektedir.

Havza Planlama Hedefleri:
Havzada atıksu arıtma tesisini kurmamış belediyeler Çevre Kanunda belirtilen sürelerde bu tesisleri işletmeye almakla yükümlüdürler. Bu çerçevede Bakanlığımızca yapılan çalışmalar sonucunda Kanunda öngörülen sürelerde atıksu arıtma tesisi ile hizmet verilen belediye nüfusunun havzada bulunan toplam belediye nüfusuna oranı baz alınarak ulaşılması planlanan hedefler verilmektedir.

Havzada Bulunan Atıksu Arıtma Tesisleri İçin Yatırım ve Yenileme İhtiyacı:
AB Entegre Çevre Uyum Stratejisi’nde bulunan atıksu yatırım ihtiyacı tablosu Çevre Kanunun getirdiği kısıtlamalar göz önünde bulundurulup, tekrar değerlendirilerek, atıksu yatırım ihtiyacı (2007-2017) tablosu (2007-2017) oluşturulmuştur. Tablo 8’deki atıksu arıtma tesisi yatırım ihtiyacı havza nüfusuna göre hesaplanmıştır. Küçük Menderes Havzası için AAT yatırım ihtiyacı aşağıda verilmektedir.