Van Gölü havzası yaklaşık 16.000 km2’lik bir drenaj alanını kapsamaktadır. Havza tabanında yer alan Van Gölü 3500 km2’lik yüzey ölçümü, 451 metrelik maksimum derinliği ve yüksek soda içeriği (% 22 tuzluluk ve 9,8 lik pH değeri) ile yerküremizdeki en büyük terminal göllerden birisini oluşturmaktadır. Van Gölünü çevreleyen yüksek alanların yamaçlarında ve göle dökülen akarsuların vadilerinde yerel olarak basamaklar bulunmaktadır. Van Gölünün günümüzdeki seviyesinden(1648 m), 10-15 m, 20-30 m, 55-60m, 70-80 m ve 120-130 m daha yüksekte yer alan bu şekiller ve düzlükler, Van Gölünün yüksek seviyelerinin kanıtlarını oluşturmaktadır. Van Gölünün meydana gelişi eski Muş- Van tektonik havzasının suları Fırat Nehri tarafından kapılarak boşaltılmış ve drenaj Fırat’a yönelmiştir. Daha sonra Muş- Van havzası, Nemrut volkanı ve lavları tarafından iki kısma bölünmüştür. Böylece havzaya doğrudan katılan akarsuların önü kapatılmıştır. Bu şekilde Nemrut’un doğusunda kalan Van Havzasının, bu volkanın oluşturduğu seddin arkasındaki taban kesiminde sular birikerek Van Gölünü oluşturmuştur.

Van Gölü Havzası iklim özellikleri yönünden iki bölümde incelenebilir. Birincisi Ahlat Reşadiye arasında kalan batı ve güney-batı kesimi, ikincisi doğu kesimidir. Güney ve kuzey bu iki tip arasında geçiş olarak nitelenebilir. Van Gölü havzası Doğu Anadolu iklim bölgesinde olmakla beraber daha yumuşak bir iklime sahiptir. Havzada genel olarak, kışları yağışlı ve soğuk geçmesine karşılık yazlar kurak ve az yağışlı geçmektedir.

Gölün su toplama havzası 15.254 km2’dir. Kuzeyde Zilan Deresi, Deliçay, kuzeydoğuda Bendimahi Çayı, doğuda Karasu, Keşiş Deresi, Hoşap Çayı gölü besleyen başlıca akarsulardır. Güneyinde ve batısında göle inen birçok küçük kısa dere daha görülmektedir. Batıdaki suların en önemlisi Nazik Gölünden bir ayak olan Karmuç Deresidir. Akışı olmayan göl büyük ve kapalı bir havza içinde yer alır. Su girişi genellikle buharlaşmadan fazla olduğu için göl çok uzun bir süreden bu yana değişik hızlarla yükselişini sürdürmektedir.

Havzadaki kirletici kaynaklar; insan faaliyetleri sonucu oluşan potansiyele sahiptir. Havzada yer alan yerleşim birimleri ve bu birimlere ait kanalizasyon şebekeleri ve atıksu arıtma tesisleri, katı atıklar ve küçük ve orta ölçekli sanayi işletmeleri ve tarımsal kirlilik, kirlilik kaynaklarını oluşturmaktadır. Havzada yer alan yerleşim birimlerinden Van Merkez İlçe, Erciş ve Muradiye İlçelerinin atıksu arıtma tesisleri mevcuttur. Ahlat ve Adilcevaz İlçelerinin kanalizasyon şebekeleri bulunmaktadır.

Van İli sınırları içinde önemli sayılabilecek akarsular şunlardır:

- Bendimahi Çayı; Van Gölü havzasının en önemli akarsularındandır. İlin kuzeyinde Aladağ ve Tendürek dağı arasında doğar ve Van Gölü'ne dökülür. Çok sayıda kola sahip olan çay, Çaldıran ovasını sular. Çaldıran ovasını takiben çeşitli vadileri geçerek Muradiye ovasına gelir. Burada çeşitli büyüklükte şelaleler oluşturarak Van Gölü'ne bağlanır. Uzunluğu yaklaşık 90 km'dir.
- Hoşap Çayı; İlin güneydoğusunda, Başkale civarındaki İspiriz dağlarıyla, Norduz yaylasından kaynaklanır. Doğu-batı uzanımlı olan bu çay, Zernek baraj sahasını geçerek, Havasor ovasına girer. Gevas İlçesi’nin kuzeyinden Van Gölü'ne ulaşır. Uzunluğu 130 km'dir.
- Karasu Çayı; Özalp İlçesi’nin kuzeyindeki Pirreşit, Ahta dağlarının sularını toplayarak doğar. Erçek gölü yakınından geçerek Van Gölü'ne dökülür. Uzunluğu 130 km'dir.
- Zilan Deresi; Ercis ilçesi civarında yer alan bu akarsu, kuzey-güney yönlü akış sunmaktadır. Aladağlardan doğar. Erciş ovasından geçen akarsu, Van Gölüne dökülür.
- Deliçay; Ercis İlçesi’nin doğusunda yer alan bu akarsu Van Gölü'nün kuzeyinde dökülür.
- Memedik Çayı; Saray ilçesi doğusunda, İran sınırından başlayıp batıya doğru akar. Özalp ilçesinden geçip, doğu-batı yönlü akış sunar. Çay, Memedik vadisini asarak Erçek gölüne ulaşır. Uzunluğu yaklaşık 60 km'dir.
- Kotur Çayı; Saray ilçesi 'nin güneyinde, yer alan bu çay, İran'daki Urumiye Gölü'ne dökülür.
- Çatak Deresi; İl'in güneyinde, Çatak ilçesi içinden geçen bu akarsu, kuzey-güney yönlü akar ve Botan Çayına katılır. Van ili sınırları içinde bu akarsulardan başka daha küçük çaplı birçok dere vardır. Bunlardan önemli olanları; İrşad Çayı, Kırkgeçit Deresi, Miri Çayı ve Kurubaş Çayı'dır.

Göller ve Göletler
Van ili sınırları içinde çok sayıda göl mevcuttur. Türkiye'nin en büyük gölü olan Van Gölü'nün doğu kesimi il sınırları içindedir. Öteki göller arasında en önemlileri; Erçek Gölü, Akgöl, Sultan (Süphan) Gölü, Kesis Gölü, Kazlıgöl, Değirmigöl, Hasantimur Gölü'dür. Göller havza alanının % 20,7’sini kaplar.