Havzada dokuz adet baraj bulunmaktadır. Bunlardan biri elektrik üretimi, içme suyu ve sulama, biri içme suyu, sulama ve taşkın kontrolü, ikisi sulama ve diğer, biri sulama ve taşkın kontrolü, biri içme suyu ve sulama, üçü ise sadece sulama amaçlı kullanılmaktadır.Bakırçay Nehri’nin geçtiği yerleşim birimlerinde sağlıklı bir kanalizasyon ve arıtma tesisi bulunmaması nedeniyle gelen atıksuların arıtılmadan nehir ve nehir kollarına verilmesi, havzada bulunan sanayi tesislerinden kaynaklanan atıksular ve tarımsal faaliyetlerde kullanılan pestisit ve gübreler ile yanlış sulama teknikleri havzayı hızla kirletmektedir. Havzada yer alan ilçelerin tamamında yoğun olarak tarım yapılmaktadır. Kuru tarım ağırlık kazanmakla birlikte tarımda modern alet ve ekipmanlar da kullanılmaktadır. Havzada tarımın yanı sıra turizm de büyük bir önem taşır. Bergama’da bulunan Akrapol, Asklepion, Bazalika ve camiler ile Kozak Yaylası ve Çandarlı’da bulunan Çandarlı Kalesi önemli turizm merkezlerindendir.

Havzada yer alan başlıca akarsular;
• Karamanderes Nehri
• Aydıncık Deresi
• Dümbek Deresi
• Tuzla Deresi
• Kızılkeçili Deresi
• Havran Çayı
• Bakırçay Nehri
• Yağçili Çayı
• Güzelhisar Deresi

Genel olarak, havzadaki su kirliliğin kaynakları:
• Endüstriyel ve evsel faaliyetlerden kaynaklanan organik ve inorganik maddeler,
• Tarımsal alanlarda kullanılan tarım ilaçları ve suni gübreler,
• Soma Termik Santrali’nden yayılan zararlı kimyasal maddeler ile kömür yıkama tesislerinden çıkan proses ve soğutma sularıdır.

Kuzey Ege Havzası’nda bulunan Soma Linyit İşletmeleri ve Soma Termik Santrali havzanın kirletici kaynaklarını oluşturmaktadır. Havzadaki Balıkesir Edremit (Zeytinli, Akçay Edremit, Kadıköy), Altınoluk Belediyelerine ait evsel atıksu arıtma tesisi bulunmaktadır. Balıkesir ilinde Pelitköy, Güre ve Karaağaç Belediyelerinin atıksu arıtma tesisleri inşaat aşamasındadır. Havza içerisinde Aliağa Organize Sanayi Bölgesi bulunmakta olup, OSB’ye ait 100 m3/gün atıksu arıtma tesisi bulunmaktadır.

Havza Planlama Hedefleri:
Havzada atıksu arıtma tesisini kurmamış belediyeler Çevre Kanunda belirtilen sürelerde bu tesisleri işletmeye almakla yükümlüdürler. Bu çerçevede Bakanlığımızca yapılan çalışmalar sonucunda Kanunda öngörülen sürelerde atıksu arıtma tesisi ile hizmet verilen belediye nüfusunun havzada bulunan toplam belediye nüfusuna oranı baz alınarak ulaşılması planlanan hedefler Grafik 39’da verilmektedir.

Havzada Bulunan Atıksu Arıtma Tesisleri İçin Yatırım ve Yenileme İhtiyacı:
AB Entegre Çevre Uyum Stratejisi’nde bulunan atıksu yatırım ihtiyacı tablosu Çevre Kanunun getirdiği kısıtlamalar göz önünde bulundurulup, tekrar değerlendirilerek, atıksu yatırım ihtiyacı (2007-2017) tablosu (2007-2017) oluşturulmuştur. Tablo 8’deki atıksu arıtma tesisi yatırım ihtiyacı havza nüfusuna göre hesaplanmıştır. Kuzey Ege Havzası için AAT yatırım ihtiyacı aşağıda verilmektedir.