Havzadaki akarsuların rejimleri düzensiz olmakla beraber birkaçı dışında hepsinin üzerinde DSİ tarafından yapılmış olan baraj, bent, regülatörler vasıtasıyla düzensiz akış nispeten uygun duruma getirilmiştir. Sular iyi nitelikli sulama suyudur. Havzanın en büyük akarsuları Göksu ve Berdan dışındaki akışlar kısa ve yatakları eğimlidir. Dar vadilerden akarlar ve çoğunlukla yatak boyunca alüviyal taban bulunmaz. Yalnız kıyıya ulaştıkları yerlerde birikinti ovaları oluşmuştur. En büyük akarsu olan Göksu iki ana kolunu da Konya'dan alır. Mersin ilinde aldığı en büyük kol Mut'un güneyinde Göksu’ya kavuşan Kurtsuyu' dur. Göksu'nun Karahacılı’da ortalama akışı 118 m3/s’dir. En yüksek akış 1679 m3/s, en düşük akış 26 m3/s’dir. Tarsus Çayı Bolkar Dağlarının Değnek köyü doğusunda kalan kesiminin sularını toplar. Değnek doğusundan kuzeye akan Pamukdere Gülek boğazından akan Yeşiloluk Deresi ve arada kalan Kadıncık deresi başlıca kollarıdır. Tarsus Çayının Muhat Köprüsünde ölçülen ortalama akışı 40 m3/s, en yüksek akış 1222 m3/s, en düşük akışı 9.33 m3/s’dir. Havzanın ikinci büyük akarsuyu Anamur (Dragon) Çayıdır.

Ortalama akış 38 m3/s, en yüksek akış 478 m3/s, en düşük akışı 2,4 m3/s’dir. Sakaryayla dağı ile Güzeloluk arasının sularını toplayan Lamas Çayı Erdemli’nin batısından denize ulaşır. Ortalama akısı 10 m3/s’dir. Aslanköy’den gelen ve Mersin’de denize ulasan Efrenk Çayı (Müftü Deresi) 3,2 m3‘lük akışa sahiptir. Yukarda sayılan akarsulardan başka Deliçay, Gilindirez, Tömük, Erdemli, Ovacık, Aydıncık, Gözce, Aksaz, Bozyazı dereleri de havzanın önemli sayılabilecek diğer derelerdir.

Havza Yüzölçümü: 2.120.631 ha
Havzanın Türkiye Yüzölçümüne Oranı: % 2,72
Yıllık Su Potansiyeli: 9.03 x 109 m3
Yağış Miktarı (ort): 825 mm/yıl

Havzada üç adet baraj bulunmaktadır. Bunlardan biri elektrik üretimi, içme suyu, sulama ve taşkın kontrolü, diğeri ise sadece elektrik üretimi amaçlı kullanılmaktadır.

Korunan Alanlar:
Milli Parklar:
-Mersin il sınırları içerisinde Milli Park bulunmamaktadır.
Özel Çevre Koruma Bölgeleri:
-Göksu Deltası Özel Çevre Koruma Bölgesi
Sulak Alan:
-Göksu Deltası (RAMSAR listesine dahil edilen A Sınıfı Sulak Alan)

Baskı ve Etkiler:
Yoğun insan aktivitelerinin özellikle de kapalı ve yarı kapalı denizlerde, kıyı ve deniz tahribatı ve daha da ciddi tahribat risklerinin oluşmasına çok önemli bir katkısı vardır. Akdeniz, uzun süreli yerleşim, kıyılarındaki yoğun nüfus ve giderek artan turizm faaliyetlerinden dolayı benzeri riskler altında olan yarı kapalı bir denizdir. Hızlı şehirleşme, evsel ve endüstriyel atıklar, tarımsal faaliyetler, hayvancılık, turizm aktiviteleri ve motorlu taşıtlar Akdeniz üzerinde belirleyici olan en önemli çevresel faktörlerdir.
Havzadaki kirlilik esas olarak şu bileşenlerden oluşmaktadır:
•Endüstriyel faaliyetlerden kaynaklanan kirlilik,
•Yerleşim alanlarından kaynaklanan kirlilik,
•Turizm faaliyetlerinden kaynaklanan kirlilik,
•Deniz taşımacılığından kaynaklanan kirlilik,
•Yayılı kaynaklardan gelen kirlilik,
•Deniz ürünleri üretimi,
•Tehlikeli ve Özel Atıklar,
•Ham yağlar ve petrol orijinli hidrokarbonlar

Havzadaki çevre sorunlarını öncelik sırasına göre evsel atıksu kirliliği, kentsel katı atık kirliliği ve endüstriyel kirlilik olarak sıralamak mümkündür.
Akdeniz Bölgesindeki diğer havzalardan farklı olarak yerleşimden ve endüstrilerden kaynaklanan KOI yükünün yakın olduğu, yaklaşık % 49’nun yerleşimden kaynaklı evsel atıksudan, yaklaşık % 48 ile endüstriyel faaliyetlerden kaynaklı kirlilik olduğu görülmektedir. Turizmden kaynaklı KOI yükü ise % 3 civarındadır.
Toplam Azot yükünün büyük kısmının (% 70) yerleşimden kaynaklandığı, endüstriyel kaynaklı T. Azot yükünün yaklaşık % 14 ve tarım kaynaklı toplam azot yükünün ise % 10 civarında olduğu görülmektedir. Toplam Fosfor yükünün dağılımı incelendiğinde ise yükün % 60’nın yerleşimden, % 38’nin ise endüstrilerden kaynaklandığı görülmektedir.

Havza Planlama Hedefleri:
Havzada atıksu arıtma tesisini kurmamış belediyeler Çevre Kanunda belirtilen sürelerde bu tesisleri işletmeye almakla yükümlüdürler. Bu çerçevede Bakanlığımızca yapılan çalışmalar sonucunda Kanunda öngörülen sürelerde atıksu arıtma tesisi ile hizmet verilen belediye nüfusunun havzada bulunan toplam belediye nüfusuna oranı baz alınarak ulaşılması planlanan hedefler Grafik 40’da verilmektedir.

Havzada Bulunan Atıksu Arıtma Tesisleri İçin Yatırım ve Yenileme İhtiyacı:
AB Entegre Çevre Uyum Stratejisi’nde bulunan atıksu yatırım ihtiyacı tablosu Çevre Kanunun getirdiği kısıtlamalar göz önünde bulundurulup, tekrar değerlendirilerek, atıksu yatırım ihtiyacı (2007-2017) tablosu (2007-2017) oluşturulmuştur. Tablo 8’deki atıksu arıtma tesisi yatırım ihtiyacı havza nüfusuna göre hesaplanmıştır. Doğu Akdeniz Havzası için AAT yatırım ihtiyacı aşağıda verilmektedir.