Yapılan su kalitesini belirleme çalışması kapsamında oluşturulan Küçük Menderes su kalitesinin irdelenmesinden kirliliğin yoğun olarak evsel atıksulardan, tekstil, metal, maden, zeytinyağı, süt ve süt ürünleri vs. endüstri tesislerinden ve tarımsal faaliyetlerden (ilaçlama, gübreleme ve drenaj suları) kaynaklandığı anlaşılmaktadır. Özellikle toplam fosfor, nitrit ve nitrat değerlerinin yüksek olması; nehir suyunda ötrofike bir durum olduğunun göstergesidir. Bu durum havzada yoğun olarak yapılan tarımsal faaliyetlere ve bilinçsiz aşırı gübre kullanımıyla açıklanabilir. İnorganik kirliliğin kaynaktan itibaren sanayi bölgelerinde daha fazla olduğu, küçük sanayi sitelerinin de önemli kirletici etken oluşturduğu tespit edilmiştir. Havzada yoğun olarak bulunan mevsimlik zeytinyağı tesisleriyle süt ve süt ürünleri (mandıralar) de organik kirliliği önemli ölçüde artırmaktadır. Ayrıca Torbalı Fetrek Çayı civarındaki büyük ölçekli sanayi kuruluşları, mermer işleme tesisleri nehre ciddi anlamda kirlilik yükü taşımaktadır.

Küçük Menderes Nehri yaklaşık 175 km uzunluğunda olup İzmir’in Kiraz İlçesinden başlar. Beydağ, Ödemiş, Tire, Bayındır, Torbalı İlçelerini kapsayan nehir havzası, Selçuk’ta nehrin oluşturduğu delta ile son bulur. Havzanın tamamı İzmir İl sınırları içerisinde bulunmaktadır. Bozdağlar’dan doğan Küçük Menderes Nehri, birleşen kollarla büyüyerek güneye doğru iner, Beydağ ilçesi yakınlarında, Boz ve Aydın Dağları’nın arasındaki geniş havzasında batıya doğru akar. Torbalı yakınlarında güneye doğru dönerek Selçuk ilçesi önünden Ege Denizi’ne delta yaparak dökülür. Ortalama uzunluğu 175 km olan nehir kışın kabarır ve sağanak yağışlar olduğunda, özellikle delta alanı üzerinde yatağından taşarak, geçici bataklıklar oluşturur. Yazın ise sular çok azdır, özellikle kendisini besleyen küçük kollar tamamen kurur. Küçük Menderes Deltası tarih boyunca hızla büyümüş ve eskiden kıyıda olan Artemis Tapınağı bir ada olan Kurutepe Ovası’nın ortasında kalmış, Efes Limanı da daha antik çağlarda temizlenmesine karşın denizle bağlantısını zamanla kaybetmiştir.

Konya Kapalı Havzası Türkiye'nin İç Anadolu Bölgesi'nde yer almaktadır. Türkiye'nin toplam alanının % 7'sine denk gelen 50.000 km2’lik bir alanı kaplamaktadır. Konya Kapalı Havzası, Anadolu'nun ortasında yükselen eski bir nehir yatağının hava hareketlerine bağlı olarak oluşmuştur.Havzada onüç adet baraj bulunmaktadır. Bunlardan ikisi sulama ve taşkın kontrolü, biri içme suyu ve sulama, onu ise sadece sulama amaçlı kullanılmaktadır. Koruma Alanları: Konya havzasında sulak alanlar ve göller; Samsam Gölü, Kozanli Gölü, Kulu Gölü, Ereğli Sazlığı, Esmekaya Sazlığı, Beyşehir Gölü, Sugla Gölü, Hotamis Sazlığı, Bolluk Gölü, Tersakan Gölü, Tuz Gölü. Baskı ve Etkilerin Analizi: Konya Kapalı Havzası'nda yaklaşık 3 milyon kişi yaşamaktadır. Bunun % 45'i kırsal alanlarda, % 55'i kentsel alanlardadır. Havza genelinde, kırsal alanlarda nüfus giderek azaldığı kentsel alanlardaysa arttığı gözlenmektedir. Konya ve Aksaray civarındaki ana endüstri kolları arasında süt çiftlikleri, bakır ve alüminyum madenleri, deri işleme tesisleri ve gıda işleme endüstrileri yer almaktadır. Beyşehir gölü havzasında; göle deşarj eden 9 adet balık işleme tesisi, 1 adet silah fabrikası, 5 adet krom kaplama atölyesi, 1 adet restoran, 1 adet mezbahana bulunmaktadır.