Havzadaki akarsuların rejimleri düzensiz olmakla beraber birkaçı dışında hepsinin üzerinde DSİ tarafından yapılmış olan baraj, bent, regülatörler vasıtasıyla düzensiz akış nispeten uygun duruma getirilmiştir. Sular iyi nitelikli sulama suyudur. Havzanın en büyük akarsuları Göksu ve Berdan dışındaki akışlar kısa ve yatakları eğimlidir. Dar vadilerden akarlar ve çoğunlukla yatak boyunca alüviyal taban bulunmaz. Yalnız kıyıya ulaştıkları yerlerde birikinti ovaları oluşmuştur. En büyük akarsu olan Göksu iki ana kolunu da Konya'dan alır. Mersin ilinde aldığı en büyük kol Mut'un güneyinde Göksu’ya kavuşan Kurtsuyu' dur. Göksu'nun Karahacılı’da ortalama akışı 118 m3/s’dir. En yüksek akış 1679 m3/s, en düşük akış 26 m3/s’dir. Tarsus Çayı Bolkar Dağlarının Değnek köyü doğusunda kalan kesiminin sularını toplar. Değnek doğusundan kuzeye akan Pamukdere Gülek boğazından akan Yeşiloluk Deresi ve arada kalan Kadıncık deresi başlıca kollarıdır. Tarsus Çayının Muhat Köprüsünde ölçülen ortalama akışı 40 m3/s, en yüksek akış 1222 m3/s, en düşük akışı 9.33 m3/s’dir. Havzanın ikinci büyük akarsuyu Anamur (Dragon) Çayıdır.

Havzada dokuz adet baraj bulunmaktadır. Bunlardan biri elektrik üretimi, içme suyu ve sulama, biri içme suyu, sulama ve taşkın kontrolü, ikisi sulama ve diğer, biri sulama ve taşkın kontrolü, biri içme suyu ve sulama, üçü ise sadece sulama amaçlı kullanılmaktadır.Bakırçay Nehri’nin geçtiği yerleşim birimlerinde sağlıklı bir kanalizasyon ve arıtma tesisi bulunmaması nedeniyle gelen atıksuların arıtılmadan nehir ve nehir kollarına verilmesi, havzada bulunan sanayi tesislerinden kaynaklanan atıksular ve tarımsal faaliyetlerde kullanılan pestisit ve gübreler ile yanlış sulama teknikleri havzayı hızla kirletmektedir. Havzada yer alan ilçelerin tamamında yoğun olarak tarım yapılmaktadır. Kuru tarım ağırlık kazanmakla birlikte tarımda modern alet ve ekipmanlar da kullanılmaktadır. Havzada tarımın yanı sıra turizm de büyük bir önem taşır. Bergama’da bulunan Akrapol, Asklepion, Bazalika ve camiler ile Kozak Yaylası ve Çandarlı’da bulunan Çandarlı Kalesi önemli turizm merkezlerindendir.

Baskı ve Etkiler: Yoğun insan aktivitelerinin özellikle de kapalı ve yarı kapalı denizlerde, kıyı ve deniz tahribatı ve daha da ciddi tahribat risklerinin oluşmasına çok önemli bir katkısı vardır. Akdeniz, uzun süreli yerleşim, kıyılarındaki yoğun nüfus ve giderek artan turizm faaliyetlerinden dolayı benzeri riskler altında olan yarı kapalı bir denizdir. Hızlı şehirleşme, evsel ve endüstriyel atıklar, tarımsal faaliyetler, hayvancılık, turizm aktiviteleri ve motorlu taşıtlar Akdeniz üzerinde belirleyici olan en önemli çevresel faktörlerdir. Havzadaki çevre sorunlarını öncelik sırasına göre kentsel katı atık kirliliği, evsel atıksu kirliliği ve endüstriyel kirlilik olarak sıralamak mümkündür. KOI kirliliğinin büyük kısmının, yaklaşık % 68 ile yerleşimden kaynaklı evsel atıksudan, daha sonra ise yaklaşık % 22 ile endüstriyel faaliyetlerden kaynaklanan kirlilikten, yaklaşık % 11’nin ise turizmden kaynaklandığı görülmektedir. Toplam azot ve fosfor kirliliğin büyük kısmının (% 75) yerleşimden kaynaklandığı, turizm kaynaklı toplam azot yükünün yaklaşık % 13 ve tarım kaynaklı toplam azot yükünün de % 10 civarında olduğu görülmektedir. Orta Akdeniz havzası içerisinde işletmede olan 1 adet OSB bulunmaktadır. İşletmede olan Antalya OSB’nin atıksu arıtma tesisi bulunmaktadır.